15 мая 2005 года судья Сковородинского райсуда Андрей Ильиных счел вину Шалимова полностью доказанной и вынес приговор — 2,2 года лишения свободы. При рассмотрении кассационной жалобы областной суд не согласился с участием Шалимова в незаконном предпринимательстве и сократил срок на один месяц. Отбыв половину наказания в СИЗО областного центра, экс-глава подал прошение о досрочно-условном освобождении. В горсуд Благовещенска Бориса Шалимова привезли с получасовым опозданием. — Вину свою осознал и в содеянном раскаивается, — процитировал Шалимова судья Валерий Ковалев и перешел к пояснениям начальника СИЗО Павла Марьева.

— В апреле — мае частично погашен ущерб районному бюджету в размере 150 тысяч рублей, с августа Шалимову облегчили условия содержания. Он добросовестно относился к труду, готовил политинформации и общался с положительно настроенными осужденными. Это в суде подтвердил начальник отряда Сергей Помазков. Также выяснилось, что уже в СИЗО бывший чиновник получил благодарности от губернатора и председателя облсовета, пограничников и архиепископа Гавриила. В ответ на вопрос судьи Борис Шалимов и его адвокат Геннадий Самодуров заявили, что поддерживают зачитанные мнения и не хотят к ним чего-либо добавить. Зато было что добавить представителю прокуратуры. Старший помощник прокурора Благовещенска Владимир Бердышев попросил Шалимова еще раз вслух подтвердить факт раскаяния и признания вины. — Раскаяние и положительные характеристики говорят о том, что Шалимова можно освободить, — резюмировал прокурорский работник. — Однако в ходатайстве говорится об освобождении от дополнительного наказания — лишения права занимать должности в органах местного самоуправления, государственных и муниципальных учреждениях в течение двух лет. Этот вопрос должен быть решен отрицательно. Геннадий Самодуров принялся доказывать необязательность этого условия, однако судья Валерий Ковалев прервал его фразой «на усмотрение суда» и отправился в совещательную комнату. Вместо запланированных 20 минут на вынесение решения ушел почти час. Родственники Бориса Шалимова успели выйти на перекур и поговорить с представителем следственного изолятора. — Обратно машина повезет всех вместе, поэтому придется подождать с час, а может и больше, — объяснял им Сергей Помазков. — За это время как раз успеете отвезти в СИЗО копию решения суда. Если надо, в бухгалтерии подождут, чтобы выпустить его даже после пяти вечера. После того как судья объявил, что «ходатайство удовлетворено в полном объеме», один из двоюродных братьев захлопал в ладоши. Тут же родственники позвонили отцу Бориса Валерьевича и заявили, что «сегодня самый лучший день, который не грех и отметить». В СИЗО сработали оперативно, и через пару часов после решения суда Борис Шалимов вышел из ворот изолятора. Спокойно, без слез, по-деловому обнялся с родственниками, принял букет цветов и поздравления от случайно оказавшейся в Благовещенске коллеги по районной администрации. Затем все сели в микроавтобус и уехали домой.